NGS 前处理

• 导入 Illumina、PacBio 和 NanoPore reads
• 修剪、过滤和解复用单端和双端数据
• 合并配对读取
• 重复数据删除
• 纠错和归一化
• 过滤掉嵌合体

映射和从头组装

• 只需在行业领先的映射算法和从头组装算法之间切换
• 支持组装 Sanger 和 NGS 数据，包括任何长度的 Illumina、PacBio 和 Oxford Nanopore 读数，包括双端读数和混合组装
• 在组装微生物基因组、质粒和其他环状序列时产生环状重叠群
• 使用 MAUVE 基因组比对进行基因组比较和整理
• 映射器包括 Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2 和 TopHat
• 从头组装算法，包括 Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole 和 Velvet

变体调用和表达分析

• 使用 Geneious 或 FreeBayes 调用 SNP/变体
• 使用同步基因组视图对表格结果进行实时过滤
• 计算和比较映射的 RNA-seq 数据的表达水平
• 使用 PCA 和火山图进行可视化

序列分析

• 修剪、组装和查看 Sanger 测序跟踪文件
• 纠正碱基检出并创建一致序列
• 注释基序、ORF 和重复序列
• 预测基因和结构元素
• 通过对数据库的相似性搜索进行实时注释
• 即时翻译选择，或显示注释或选定帧的翻译
• 序列特性的动态图和统计数据，例如 pI、分子量、熔点、氨基酸组成等

序列比对

• DNA 或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对
• 与可信算法对齐，包括 Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE 和 LastZ
• 通过实时翻译和突出显示查看和编辑路线

系统发育学

• 使用 Geneious 树生成器、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML 等构建树
• 可视化、编辑和标记您的树木
• 交互式距离矩阵查看器
• 出版物质量输出

微卫星分析

• 导入原始 ABI 跟踪文件
• 修剪、预测和手动调整峰值
• Bin peaks 进入等位基因
• 生成等位基因调用的表格输出

分子克隆

• 查看质粒图谱、自动注释载体以及复制粘贴带有注释的序列
• 一步 GoldenGate（IIS 型）和限制性克隆
• 基于同源性的克隆，包括 Gibson、GeneArt 和 In-Fusion
• 拓扑克隆
• 克隆操作的父母/后代谱系跟踪
• 密码子优化和反向翻译
• 沉默突变分析以寻找潜在的限制性位点以引入
• CRISPR gDNA设计
• 模拟 PCR、消化和连接

引物设计

• 针对任何目标区域或整个序列自动设计 PCR 和测序引物和杂交探针
• 在序列视图中轻松添加引物
• 设计基本的和简并的 PCR 引物
• 在设计过程之前、期间或之后添加和删除引物序列的扩展
• 引物特异性测试以检查模板序列上的其他结合位点
• 筛选物理特性、发夹结构和引物二聚体
• 拖放 FASTA、电子表格或 GenBank 格式的引物

数据管理与协作

• 拖放导入文件和文件夹，包括 Vector NTI 数据库
• 将电子表格中的元数据导入序列和其他文档
• 智能 NGS 导入——一步导入任何种类的 SAM、BAM、GFF、BED 和 VCF 文件
• 直观的基于文件夹的项目组织
• 无缝集成共享数据库
• 快速搜索数据库中的所有序列和元数据
• 广泛的导出选择

搜索和爆炸

• 直接访问 NCBI 公共 BLAST 数据库
• 私有本地数据库的自定义 BLAST
• 集成搜索外部数据库，包括 GenBank 和 UniProt
• 将您的序列直接上传到 GenBank
• 在 PubMed 中搜索文献
• 针对您的本地或共享数据库进行高级搜索

自动化工作流程

• 使用可视化编辑器创建用于自动批量分析的工作流程
• 超过 20 个用于执行管道的内置工作流程，包括将变体应用于参考序列、映射读取然后找到 SNP 和随机采样序列
• 通过选择编写自定义代码工作流程来扩展功能

API 和开发人员

• 使用插件开发工具包添加专用功能或与其他系统集成
• 添加您最喜欢的算法、数据库或可视化
• 包装命令行程序以通过 Geneious Prime GUI 运行